Auch Heynckes kann es nicht richten: In der Spielzeit 2006/07 scheidet die Borussia im DFB-Pokal beim Regionalligisten VfL Osnabrück bereits in der zweiten Runde aus. In der Liga setzt sich die Misere fort. Nach einer enttäuschenden Hinrunde findet sich die Mannschaft mit nur 15 Punkten auf einem Abstiegsplatz wieder.\n\nTrainer Jupp Heynckes, mit hohen Erwartungen zum Saisonbeginn ein zweites Mal verpflichtet, tritt am 31. Januar 2007 wegen des sportlichen Misserfolges und wegen erhaltener Morddrohungen zurück.
Nachfolger wird der bisherige Co-Trainer Jos Luhukay. Dieser schafft ganze zwei Siege und vier Unentschieden aus den letzten 15 Spielen.